История учреждения началась в 1980 году с идеи создать “уголок трудовой славы”, призванный сохранить память о строительстве города и горно-обогатительного комбината. Энтузиазм горожан и поддержка руководства комбината быстро превратили эту инициативу в полноценный музейный проект.
Первая выставка, посвященная истории создания музея, становлению Костомукши и развитию комбината, открылась 14 мая 1981 года. Учредителями музея стали художник-оформитель Василий Твердохлеб и заслуженный работник культуры Яакко Ругоев.
За прошедшие годы музей прошел путь от филиала Национального музея Республики Карелия до самостоятельного городского учреждения. В 1990-х годах он переехал в новое, более просторное помещение, а с 2002 года стал частью “Культурно-музейного центра”, а с 2017 – МБУ «Муниципальный архив и Центральная библиотека».
Сегодня Костомукшский городской музей продолжает свою важную работу по сохранению и популяризации богатой истории города, трудовых достижений его жителей и уникальной культурной среды региона.